La Coordinadora Extremeña de ONGD se organiza de manera democrática a través de su Asamblea, donde participan las organizaciones que la integran. La Asamblea elige a la Junta Directiva y a las ONGDs que la representan en el Consejo Asesor de Cooperación de la Junta de Extremadura. Estas ONGD ocupan ocho vocalías que permiten a la CONGDEX exponer propuestas concretas dirigidas a la mejora de la calidad de la Cooperación Extremeña.